столкнулся недавно с тем, что на старых и части новых проектах не отображается дерево файлов/директорий на сервере (вкладка remote host)
оказалось, что чекбокс *пассивный режим* сбрасывается иногда, а в активном режиме часто фтп на сервере не отображает файлы на сервере
хотя если нажать на кнопку проверки соединения, то выведется, что все норм
ниже записал небольшой видеоролик о том, как активизировать пассивный режим работы по фтп: