на примере phpstorm создадим файл phpstorm.desktop в /home/username/.local/share/applications/
[Desktop Entry] Encoding=UTF-8 Name=phpstorm Comment= Exec=/home/username/phpstorm/bin/phpstorm.sh Icon=/home/username/phpstorm/bin/phpstorm.png Categories=Application;Development;IDE Version=1.0 Type=Application Terminal=0
после этого нажимаем кнопку показать приложения (по умолчанию внизу слева)
вводим phpstorm
правой кнопкой по найденному приложению
и выбираем добавить в избранное